此次税制改革，在境外所得已纳税款的税收抵免规则总体不变，继续实行“分国不分项”办法。由于此次改革由原分类税制改为综合与分类相结合税制，境内、外所得的应纳税额、抵免限额的计算方法相应有所变化：
（一）鉴于综合所得、经营所得均为累进税率，计算境内外所得的应纳税额时，需将个人来源于境内和境外的综合所得、经营所得，分别合并后计算应纳税额。其他所得为比例税率，计算个人境内和境外应纳税额时，不需合并计算，依照税法规定单独计算应纳税额即可。
根据新税法精神，个人同时有境内、外综合所得，合并后减去一个6万元和与本人相关的专项附加扣除，与改革前境内、外所得分别计税，分别减除相关费用的计算方法相比，新规定更加公平合理。
（二）抵免限额的计算。来源于中国境外一个国家（地区）的综合所得抵免限额、经营所得抵免限额以及其他所得抵免限额之和，为来源于该国家（地区）所得的抵免限额。税收抵免限额的计算公式，另行规定。
（三）抵免过程。居民个人在境外一个国家（地区）实际已经缴纳的个人所得税税额，低于依照上述规定计算出的该国家（地区）抵免限额的，在中国缴纳差额部分的税款；超过该国家（地区）抵免限额的，当年不需在中国补税，但当年没有抵免完毕的部分，在以后五个年度内延续抵免。