第一步，先计算前一个月应扣缴的税款，具体操作如下：
（1）完成各项信息的采集。在扣缴客户端采集本单位员工的基本信息、专项附加扣除信息，向税务机关提交，并获取到“提交成功”的反馈信息。
（2）填写该月应发放的工资数据。在扣缴客户端软件【综合所得申报】模块，选择【正常工资薪金所得】菜单并点击【填写】按钮后，可以直接手动添加工资数据，也可通过模板导入该月应发放的工资收入数据。
（3）计算专项附加扣除金额。填写完该月应发放的工资收入数据后，在填写工资收入的页面点击【预填专项附加扣除】按钮，系统自动计算专项附加扣除金额。
（4）计算该月应扣缴的税款。点击【综合所得申报】页面上方的【税款计算】按钮，系统自动计算该月累计应扣缴的税款金额，该月发放工资、扣缴税款的申报表填写完毕。
第二步，再计算下一个月应扣缴的税款，具体操作如下：
（5）在系统中选择正确的税款属期。在扣缴客户端软件的首页，将税款所属期正确选择至“下一个月”。比如，如果第一步计算的是2月份应扣缴的税款，此时需将税款所属期选择为3月份。
（6）确定累计应税所得的数据来源。在扣缴客户端软件系统设置界面，点击【申报管理】—【累计所得数据来源】，选择【本地文件获取】。
（7）填写该月应发放的工资收入数据。在扣缴客户端软件【综合所得申报】模块，选择【正常工资薪金所得】菜单并点击【填写】按钮后，可以直接手动添加工资数据，也可通过模板导入该月应发放的工资收入数据。接着，点击【预填专项附加扣除】，计算该月专项附加扣除金额。
（8）计算该月应扣缴的税款。点击【综合所得申报】—【税款计算】，该月份税款就会自动计算出来。由于前一个月已经预缴了部分税款，所以【应补退税额】即是这个月实际发放工资时应代扣的税款，计算结果可以点击【导出】以Excel表格形式保存在本地使用（员工数量超过65536时，应使用csv格式保存）。